Cho tới nay, cuộc xung đột Nagorno-Karabakh vẫn là một trong các cuộc xung đột âm ỉ ở các nước Cộng hòa thuộc Liên Xô cũ, cùng với các cuộc xung đột ở Abkhazia và Nam Ossetia cũng như ở khu vực Transnistria thuộc Moldova. Karabakh tiếp tục nằm dưới sự quản lý của chính phủ Cộng hòa Nagorno-Karabakh và duy trì quân đội riêng - NKRD.[69] Ngược với những gì giới truyền thông đưa tin về khía cạnh tôn giáo của người Armenia và Azeris, tôn giáo chưa bao giờ đóng vai trò quan trọng như một nguyên nhân gây ra chiến tranh, và nguyên nhân chính vẫn là vấn đề lãnh thổ và quyền con người của người Armenia tại Karabakh.[70] Kể từ năm 1995, đồng chủ tịch của nhóm Minsk tiếp tục đàm phám với chính phủ Armeni và Azerbaija để tìm ra giải pháp cho cuộc xung đột. Nhiều đề nghị được đưa ra, chủ yếu tập trung vào việc thuyết phục mỗi bên nhân nhượng trong một số điểm. Một đề nghị được đưa ra là binh lính Armenia rút khỏi 7 khu vực xung quanh Karabakh, Azerbaijan sẽ chia sẻ nguồn lợi kinh tế, bao gồm cả lợi nhuận từ đường ống dẫn dầu từ Baku, trung chuyển qua Armenia để đến Thổ Nhĩ Kỳ.[71] Các đề xuất khác bao gồm Azerbaijan sẽ trao quyền tự trị rộng rãi cho vùng này, gần như được độc lập. Armenia cũng phải chịu nhiều sức ép do bị ngoại trừ khỏi các thành tựu phát triển kinh tế diễn ra trong khu vực, bao gồm tuyến đườn ống dẫn dầu Baku-Tbilisi-Ceyhan[71] và tuyến đường sắt Kars-Tbilisi-Baku.

Phần lớn đề xuất tự trị đều bị phía Armenia bác bỏ, do họ coi đó là vấn đề không thể đặt lên bàn đàm phán. Cũng như vậy, phía Azerbaijan cũng từ chối bỏ qua vấn đề này, và thường xuyên đe dọa sẽ sử dụng vũ lực trở lại.[72] Ngày 30 tháng 3 năm 1998, Robert Kocharyan được bầu làm Tổng thống Armenia, và tiếp tục bác bỏ kêu gọi nhân nhượng để giải quyết cuộc xung đột. Năm 2001, Kocharyan và Aliev gặp mặt tại Key West, Florida để thảo luận vấn đề này, trong khi một số nhà ngoại giao phương Tây tỏ ý lạc quan, thì sự phản đối ở cả hai quốc gia ngày càng gia tăng, chống lại bất kỳ sự thỏa hiệp nào, phá vỡ hy vọng cho một giải pháp hòa bình cho cuộc xung đột.[73]